临床药物色谱具有分离和分析的双重功能，因而被广泛应用于临床药物的分析，药物的临床标本主要有血血浆血清全血尿唾液及各种组织，其特点为：被测组分含量极微而采样量受到限制，大体积样品会带来灾难性的杂质干扰；干扰杂质含童高而且成分复杂；被测物质常出现同系物形式，或者为系列代谢产物。在进入色谱系统前要对样品进行预处理，除去干扰物质和对色谱系统具有致命性损害的脏物质。在这方面药物工作者进行了大童的实践，总结来说有以下几种方法。

　　蛋白质沉淀法这是较为简单的种血样处理方法，往样品中加入定童与水互溶的有机溶剂，使蛋白质面失去水化层相互聚集而产生沉淀析出，再经离心除蛋白，若灵敏度足够，可取上清液直接进样，否则将上清液浓缩后进样，由于药物与血浆蛋白结合，难以直接用来提取，蛋白质沉淀法常常做为其他处理方法的前处理方法，往往再进步利用柱切换等方法，对样品中的药物进行提取或富集。常用的蛋白质沉淀剂有有机试剂甲醉乙醉乙腈氯仿和，甲烷，酸碱，醋酸高，酸次氯酸氢氧化钡，无机盐硫酸盐钨酸盐。究竟用赛种沉淀剂，应根据所测定的样品而定。并不拘泥于上述的几种。在用有机试剂沉淀的同时，也可根据需要加入缓冲溶液，调节合适的值，或者用两种以上的沉淀剂，以使蛋白质沉淀更完全。有报道蛋白质沉淀会降低回收率。延长离心时间可以提回收率。关于蛋白质沉淀剂的用量问般为样品的24倍，大剂量的沉淀剂虽使蛋白质沉淀更完全，但会稀释样品，蛋白质沉淀法操作简便，是基础的血样处理方法。

　　液液提取法这，是经典的样品处理方法，根据分配定律原理，往生物样品中加人有机溶剂进行萃取，萃取后，再将含有待测样品的提取溶剂放置在适宜的萃取容器内，用气流吹干，后用少置的流动相溶解。其方法的关键在于提取溶剂的选择。有时步提取，如果成分复杂，则要进行多步提取。对于理想的提驭毒且沸点不高；与水不相溶；适当的蒸发性；化学隐定性高，无相互作用；不易乳化；重要的是对被提取物质有高度的选择性，以获取高的提取率。在实际应用中，我们选择萃取溶剂的原则，对于极性大的组分用强极性溶剂提取，反之亦然。常用的提取溶剂有，甲烷仿己烷叔丁基甲醚乙醚异丁醇乙酸乙酯庚烷苯等。

　　为了调整萃取溶剂的极性，常常使用混合溶剂萃取。